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远在人类文明15,000年前,地球上的高智能哥斯麽族就被两只大昆虫型怪物—摩斯拉及巴特拉所摧毁。而在一次山崩後,现今日本的伊房岛上却将埋藏在地下的摩斯拉巨蛋发掘来。其後三只史上最强大的怪兽—哥斯拉、摩斯拉及巴特拉碰头对决,虽然大怪兽摩斯拉及巴特拉联手成功将哥斯拉封印在海中,但人类的危机却并未解决,因为一颗超巨大的陨石将撞向地球…